El Museo de Paleobotánica se encuentra en el molino de agua llamado Molino de la Alegría; un edificio que conserva elementos medievales y renacentistas.
La exposición presenta la evolución de las diferentes floras que han existido a lo largo de la historia de la Tierra, desde el Devónico hasta el Cuaternario.
La colección científica está formada por 150.000 piezas, la mayor parte de ellas recolectadas en la Península Ibérica, en las cuencas carbonífera de la Cordillera Cantábrica y en las de Andalucía. También se incluyen piezas de otras zonas del mundo: Estados Unidos, antigua Unión Soviética, Gran Bretaña, Francia, Asia Central y Argentina. Las piezas son impresiones de helechos, pteridospermas, licófitas, cordaitales y coniferales.
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