La presencia de jaguares en un área es un indicador de la salud del ecosistema, porque quiere decir que las poblaciones de sus presas -chanchos de monte, antas, venados, tatús- están bien. Y si estos herbívoros están en buenas condiciones, la vegetación también.
La piel tiene fondo amarillo rojizo, excepto en el interior de las orejas, en la parte inferior del hocico, las mandíbulas, la garganta y demás partes bajas del cuerpo, donde el color es más pálido; en la parte inferior de las patas predomina el blanco. Además tiene las características manchas negras, tipo rosetas, redondas, alargadas o rayas irregulares que se bifurcan en la cruz y vuelven a juntarse en el lomo, formando en los flancos líneas más o menos paralelas; más pequeñas en la cabeza, el cuello y las patas que en el resto del cuerpo. La cola tiene anillos en su tercio posterior. No hay dos jaguares con el mismo patrón de manchas.
Son parecidos al leopardo de Asia y África, pero el jaguar es más robusto, tiene cabeza más grande y cola más corta. Además, aunque el jaguar es buen trepador, no pasa tanto tiempo sobre los árboles; su pelaje también es más anaranjado y tiene las rosetas más grandes que el leopardo. No atacan a los hombres como los leopardos, que sí tienen registros de ataques al hombre.
El peso de un jaguar adulto va de 45 a 130 kg dependiendo de la subespecie, pudiendo llegar a pesar 150 kg. Las hembras son entre un 10 y 20 por ciento más pequeñas que los machos.
Su longitud es de 1.70 a 2.30 m, y una altura hasta la cruz de unos 85. Su cola mide entre 45 y 75 cm.
La esperanza de vida de un jaguar en cautividad es de 22 años. En el entorno salvaje probablemente es de 10 años, excepto en raras ocasiones que puede llegar hasta los 20 años.
En contraste con los otros grandes felinos, el jaguar gruñe pero rara vez ruge.
Posee hábitos nocturnos, aunque tiene algo de actividad durante el día. Gracias a estudios de radioseguimiento se ha sabido que suelen estar activos el 50 a 60 % del día (contando las 24 horas; según otro estudio con cámaras de trampeo en Bolivia pueden estar activos a cualquier hora del día, con picos desde al amanecer hasta media mañana en ambas épocas (5:00 – 10:00 horas) y por la noche (20:00 – 0:00 horas) más pronunciado en la época lluviosa.
La agudeza de sus sentidos del olfato y el oído y sus habilidades para correr, trepar árboles, nadar y moverse agazapado tras una presa lo convierten en excelente cazador.
Al estar habituado a biomas selváticos con poca luz (aunque su área de dispersión llegó a abarcar praderas y estepas), posee ojos nictálopes, que permiten una notable visión en la oscuridad, merced a una membrana reflectante en el fondo del ojo que concentra la luz en el campo focal de la retina. (Esta es la razón por la cual cuando enfocas con una luz a un gato en la noche, sus ojos parecen iluminarse, porque reflejan mucho la luz).
Por otra parte, y a diferencia de otros felinos, son excelentes nadadores y están también adaptados para la caza de presas acuáticas y subacuáticas desde la superficie; en tales casos, las vibraciones de los peces, yacarés y tortugas les llegan nítidamente a través de sus patas y bigotes.
Su olfato está muy bien desarrollado y puede detectar por el olor presas a bastante distancia, en tales casos abre la boca facilitando así una mejor llegada de las moléculas odoríferas a sus órganos olfativos.
El tamaño y la defensa de sus territorios varía en función de la disponibilidad de alimento y de lasoportunidades de reproducción. Durante el día los machos suelen desplazarse unos 3,3 km y las hembras 1,8 km por sus territorios. Ambos sexos tienden a desplazarse mayores distancias en la época seca, posiblemente por la mayor escasez de alimento.
Los machos tienen territorios mayores que los de las hembras y aunque estos territorios no se sobreponen con el de otros machos, si lo pueden hacer con los territorios de algunas hembras adultas. La delimitación del territorio, lo hacen mediante marcaje de orina, excrementos u otro tipo de señales, como rascaduras en árboles o vocalizaciones. En caso necesario para defender el territorio, pueden llegar al enfrentamiento directo.
Los territorios de los machos alcanzan extensiones hasta de 380 km2, mientras que las hembras ocupan territorios hasta de 134 km2 en promedio . Cuando el hábitat es óptimo y la densidad de jaguares es alta, los machos ocupan pequeños territorios de aproximadamente entre 30 y 50 km2, mientras que una hembra entre 15 y 25 km2
Las hembras alcanzan la madurez sexual entre dos y dos años y medio, mientras los machos entre tres y cuatro años de edad. La última reproducción suele ser a los 8 años .
Aunque durante la mayoría del año el jaguar es un animal solitario, llegada la época de celo buscarán un compañero o compañera; la época de cela en los trópicos no está limitada a ninguna estación del año en particular, aunque en algunas áreas geográficas se puede encontrar la época de reproducción asociada a alguna época climática especifica. Esto ocurre en zonas donde las estaciones hidroclimáticas son muy marcadas y pueden influir en la disponibilidad de presas. Por ejemplo, Leopold (1959) menciona que en México los nacimientos ocurren entre julio y septiembre, pero éstos varían geográficamente.
Entonces pasarán 4 o 5 semanas con la pareja elegida. Durante el celo el comportamiento de la hembra cambia. Su apetito no decrece, pero gruñe, se frota contra objetos y rueda en el suelo frecuentemente. Durante el apareamiento, la hembra es ruidosa, mientras el macho no.
Tras un periodo de gestación de alrededor de entre 93 y 110 días (unos 100 días de media) la hembra selecciona un lugar protegido para dar a luz a sus crías. El nacimiento suele ocurrir durante la estación de lluvia, cuando hay mucha comida y entre los matorrales impenetrables de la selva.
Elige lugares como cuevas, huecos entre las raíces de los árboles, matorrales o rocas y en los taludes que se originan en las orillas de los ríos.
Tienen partos de 1 a 4 cachorros, que al nacer son ciegos y pesan entre 700 gr y 900 gr. Los cachorros nacen con un pelaje largo, lanoso y de color pálido, con un patrón moteado de manchas negras redondeadas con coloración pálida en el centro, curiosamente en la cara presentan rayas negras. Toman la coloración definitiva de adulto a los 7 meses. Después de 2 semanas abren los ojos.
Las hembras se encargan exclusivamente del cuidado de las crías. Al principio la madre y sus crías viven en una madriguera en el suelo o en un árbol y, en situaciones de peligro, traslada las crías con la boca. Después de 6 u ocho semanas, los pequeños acompañan a su madre en sus excursiones. A partir de los 3 a 6 meses dejan de mamar, y hasta los dos años viven y cazan con su madre. A partir de entonces se independizan de la madre y comienzan su proceso de dispersión y búsqueda de territorio propio. Este proceso de dispersión coincide con el celo de la madre
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